日本奥迪2009年1月13日上市了对“A6”、“S6”和“RS6”进行部分改进后的新车型。三款车均采用了全时四驱系统“Quattro”。核心车型使用的是排量3.0L的超级增压V型6缸发动机，此外，改进了车体前部的外观设计，采用了LED（发光二极管）示廓灯（PositioningLamp）。价格方面，A6轿车为645万日元起价。S6轿车为1228万日元，RS6轿车为1645万日元。三款车均有旅行款。但不销售“A6AllroadQuattro”。

    此前，A6一直采用排量2.8L和3.2L的自然吸气V型6缸直喷发动机，或者排量4.2L的自然吸气V型8缸直喷发动机。进行部分改进后，提高了2.8L发动机的输出功率，另一方面，用超级增压V型6缸直喷发动机取代了3.2L和4.2L发动机。降低排量的同时，通过增压实现了与原来的V8发动机一样的最大扭矩（420N·m），10·15模式下的燃效由原来的3.2L排量V6发动机款的8.7km/L提高至9.4km/L。

    超级增压器采用美国伊顿（Eaton）生产的“TVS（Twin Vortices Series）”罗茨（Roots）式增压器。该TVS是原来的第五代增压器的后续版，从08年开始一直被美国通用的“Chevrolet CorvetteZR1”和“Cadillac CTS-V”09款采用。转子由第五代的3枚叶轮、可60度扭转的形状变更为4枚叶轮、可160度扭转的形状，特点是，通过改进吸气口和排气口等提高了效率。因此，可降低超级增压器的驱动损失，还能够提高燃效。采用TVS的A6，其最大输出功率为213kW（290PS），还备有257kW（350PS）的规格，预计将配备到“S4”上。

    作为选配系统，A6、S6和RS6首次在日本导入了检测斜后方车辆并提醒驾驶员的“AudiSideAssist”，以及配备有车线维持系统“AudiLaneAssist”的“AudiDriveAssist”系统。三款车均采用24GHz的雷达检测车辆，通过点亮位于车门镜底部的提示灯等提醒驾驶员有撞车危险。RS6通过黑白摄像头识别车线，当车辆要脱离车线时，会以振动方向盘的方式发出提醒。包括ACC（Adaptive Cruise Control System）等在内的选配部件的价格为45万日元。