雷克萨斯IS300采用一台6前速变速箱，日常换挡顺滑无比，如果不看仪表板上的即时挡位显示，很难觉察到它的换挡变化。变速箱附有运动（PWR）和雪地（SNOW）模式，但按钮位于方向盘右下方，行车中几乎会被人忘掉，因此我们也很少使用它。

手动模式对于讲求运动化的IS300来说是必不可少的，但它延续了丰田一贯的传统，采用最高挡位的控制，而不是即时挡位控制，它的原理是，你通过加减挡选择的是当前可以使用的最高挡，变速箱只会在你设定的挡位以下选择挡位，但未必一定在使用你设定的那个挡。这种设计的结果是，用手动模式减挡的反应还比较到位，但加挡有时就会有延迟的情况（变速箱决定继续提升转速才去执行你的加挡指令）。另一个不够于运动化的表现是，在减挡时发动机不会自动补油（很多欧洲新款自动变速箱都能做到降挡时自动补油），因此在弯前降挡减速的畅顺性没有某些运动化的自动挡车型那么好。

不具备一个真正运动化的排挡系统对IS300来说是个小遗憾，在赛道上测试，感觉手动模式下变速箱并不能完全服从驾驶者的命令。但只要不是要求它使出九、十成的功力，在一般运动化的驾驶中，由于发动机有宽广的动力输出范围，低转扭力也足够充沛，所以攻弯时并不需要将转速维持得很高，往往3000转左右就很够力，这使得加减挡的操作更容易被执行，在山路上攻弯的实际畅顺感还是不错。