FJ酷路泽装备丰田1GR-FE发动机，排量为4.0L，V6布置24气门设计，在进气端具有VVT-i系统，国内的普拉多正是装备此台发动机。即使是4.0L的大排量发动机，用在大梁式车身、尺寸高大的FJ酷路泽上，实际动力表现也不算很凶猛，不过刻意加以鞭策的话，这台4.0L发动机也能给予良好的配合；发动机全转速区间内的均衡表现，也很好地配合了FJ公路越野兼得的用途。

除了能在任何路况下保证足够的动力，还要满足公路行驶的需要，FJ酷路泽没有一味地追求大排量和高扭矩，采用了和普拉多一样的动力系统，一台4.0升V6汽油发动机，配以5挡自动变速器，最大功率179kW/5200rpm，最大扭矩达到了376Nm/3800rpm。对于整备质量接近2吨的车来说，这种动力配置完全可以胜任。从工况图上看，扭矩从2500-5000rpm转速区间里都能保持较为平直的输出，而功率的提升更加线性。

发动机的这种特性能够满足日常的公路行驶，但它的特点还是低转速下的扭矩输出，也正是为了征服越野路面而设计。FJ酷路泽配备了手动分时四驱系统，可以根据路况自由切换2H、4H和4L驱动模式，同时在4L挡还可以使用更为专业的牵引力控制系统A-TRC，此时发动机的扭矩在前后轴上50/50分配，如果这些还应付不了复杂的路况，还可以锁定后轮差速器，保证在一侧车轮丧失附着力的情况下扭矩合理分配。