广州本田飞度的安全配置比较大众化一些，除了ABS+EBD、双气囊和儿童锁，飞度没有装备额外的安全设备，但是飞度的碰撞试验成绩较好，达到了四星级。

在主动安全性方面，飞度配备了带EBD电子制动力分配功能的ABS防抱死制动系统，制动采用前碟后鼓式的刹车盘。

在被动安全性方面，欧洲版飞度曾经在EuroNCAP的撞击测试中取得过4颗星的成绩，所以其被动安全型还是相当让人放心的。

在车身结构上，飞度拥有以拱形侧车架为核心的吸收碰撞力的高强度车身构造，可以有效地分散碰撞时的冲击力。通过车架结构的自身变形，能够吸收大部分的撞击能量并且改变碰撞力的方向，大幅度降低碰撞时乘员舱受到的撞击力度。

此外，加上全车型标准配置的预紧式前排座椅三点式安全带、后排座椅安全带、驾驶席和助手席SRS双安全气囊以及能够缓冲颈部冲击的前排座椅，飞度轿车可以有效保护车内成员的安全。其碰撞性能达到EURO-NCAP四星标准，荣获小型车级别的最高评价。

在保护车内成员安全的同时，飞度轿车的外部设计在一定程度上也可以对行人起到保护左右。飞度轿车的发动机罩、发动机罩铰链、保险杠、翼子板等部件能够充分吸收行人与车辆碰撞时的能量，最大限度地减轻对行人的伤害。

和其他的日系车一样，由于强调吸能，飞度车架的坚固程度有所不足，在高速碰撞下比较吃亏。