相比同级别车，Mazda6睿翼在安全性方面走得更远，尤其在主动安全上，是目前国内同级别中最强，目标是“杜绝交通事故的车辆”。

主动安全系统装备包括：大口径盘式制动器、ABS、EBD、DSC(动态稳定控制系统)、TCS(电子牵引力控制系统)、EBA(电子式辅助刹车)等；而值得一提的是，Mazda6睿翼领先同级别对手配备了固定式AFS(adoptive front Lightingsystem)和双氙灯(Bi-Xenon head lamp)，当车辆处于转弯处或十字入口转弯时，AFS用灯(固定的灯光)会自动打开,扩大对行车方向的大灯照明的范围。夜间行车时，可更容易辨识于十字入口处的步行者/自行车;在走盘山路时，可更容易确认行进方向。

主动安全与被动安全如硬币的两面般密不可分，Mazda6睿翼的被动安全系统包括：3H结构的高刚性安全车身Mazda Advanced Impact-energy Distribution and Absorption System(马自达高级冲击力分配和吸收系统)，Active headrest(可减低头颈部撞击伤害头枕)、前气囊、侧气囊、侧气帘等。