权威的欧洲Euro NCAP在2010年对本田CR-Z进行了碰撞测试，成绩为5星。其中乘员保护、儿童座椅保护性都获得了高评价。在美国最严格的IIHS测试中则得到全部“Good”的最优评价，并且获得了“2012 Top Safety Pick”（年度最安全之选）的称号。这类紧凑型小跑车通常容易比轿车获得更高的车身结构刚性，所以CR-Z出色的表现并不令人意外。

安全配置方面，CR-Z在欧美标配正、侧气囊，帘式气囊，VSA电子稳定系统。进口到中国的车型安全配置没有任何不同，所以上述欧洲NCAP和美国IIHS的测试成绩都可直接参考。