新飞度的发动机排量分布仍为1.3L和1.5L，不过两台发动机都加入了i-VTEC技术。

其中，1.3L发动机的i-VTEC技术与1.5L的有所不同，它在低速时候其中一个进气门会停止工作，这与老款的i-DSI发动机的纯省油取向不同，这台1.3L i-VTEC发动机发动机是以高动力取向设计，并在低转速时让一个气门休止减少进气量，仍然可以达到省油的效果，而又不损失高转的动力表现，最大功率73kW@6000rpm（100马力），最大扭矩127Nm@4800rpm。

1.5L发动机则沿用传统的i-VTEC技术，具有随转速变化的气门正时、升程功能，特性与本田家族更大排量的i-VTEC发动机相近，而且新款在动力数据上成绩斐然，最大功率88kW@6600rpm（120马力），最大扭矩145Nm@4800rpm，分别提高了9Kw和2Nm。

总的来说，这两款发动机都追求出色的动力，但1.3L仍注重省油，1.5L则更注重性能，这不但是排量的差异，还切实表现在细节技术设计上，又一次表现出本田在发动机领域的高深造诣。